Его обвинили в том числе в убийствах заключенных и военнослужащих, в причастности к шпионажу, разграблению экономики Египта и связях с террористической группировкой "Хамас" и "Хезболла". Так, 26 июля 2013 г. прокуратура Египта потребовала задержать Мурси на 15 суток за сговор с террористической группировкой "Хамас" в 2011 г., с помощью которой он совершил побег из тюрьмы. Свергнутый Президент находится под стражей по сей день. Родственники Мурси угрожают подать на вооруженные силы в суд за похищение.