С 2003 по 2005 гг. Дж.Коми исполнял обязанности заместителя генерального прокурора в администрации президента Джорджа Буша-младшего, и получил известность, отказавшись одобрить некоторые аспекты программы внутреннего наблюдения Агентства национальной безопасности США в 2004 г., когда его непосредственный начальник, тогдашний генпрокурор США Джон Эшкрофт находился в больнице. Он поддержал решение своего заместителя, когда ответственные за программу чиновники обратились к нему с просьбой отменить решение Коми, и тоже не стал подписывать документ. Действия Коми обеспечили ему поддержку депутатов от Демократической партии.

После ухода с поста Коми работал главным юрисконсультом компании Lockheed Martin.

В штате ФБР около 36 тыс. сотрудников, в том числе 13 тыс. 785 специальных агентов, которые расследуют внутренние и международные террористические акты, случаи нарушения гражданских прав, контрабанды наркотиков, должностные преступления и проявления коррупции в государственных органах.