Сотрудники ГПУ задержали Комарницкого 8 апреля 2011 г. по подозрению в умышленном убийстве.

Печерский районный суд Киева 11 апреля дал санкцию на арест Комарницкого сроком на два месяца. Тогда, заместитель генпрокурора Украины Ренат Кузьмин заявил, что Комарницкий задержан по подозрению в совершении разбоя. Ему инкриминируется совершение разбойного нападения в сговоре с группой лиц (ст.187 ч.2 Уголовного кодекса Украины).

Ранее источник в Блоке Черновецкого сообщал РБК-Украина, что это задержание является следствием противостояния между Комарницким и главой КГГА Александром Поповым. В ряде СМИ 31 марта с.г. сообщалось, что Комарницкий заявил на заседании Киевсовета, комментируя заявление руководителя КГГА Попова о необходимости провести серьезную работу по возврату утраченных активов города, что «это неправильно - все вернуть». Он также заявил, что до прихода к власти Попова «все было хорошо». В свою очередь Попов заявил, что, говоря о возврате активов, имел в виду не только Комарницкого, но и тех людей, «которых он представляет».

С июня 2008 г. Комарницкий - депутат Киевсовета VI созыва.